Als Protestantse Gemeente Emmen maken we deel uit van de Protestantse Kerk Nederland. Deze PKN is sinds 2004 ontstaan uit een fusie van de voormalige Nederlandse Hervormde Kerk, de Gereformeerde Kerken in Nederland en de Evangelisch-Lutherse Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden. Voor meer informatie hierover kunt u terecht bij www.pkn.nl. Als plaatselijke gemeente hebben we in december 2007 besloten het landelijke voorbeeld te volgen en hebben we ons verenigd onder de naam Protestantse Gemeente Emmen (PGE). 
 
De  PGE bestaat uit 5 wijkgemeenten. Te weten: Grote Kerk Emmen Centrum-Odoorn; Emmen-Centrum Kapel; Emmermeer Ichthus; Emmen-Oost  de Schepershof en Emmen-Zuid de Opgang. Sinds 2017 maakt de vrijzinnige kerk van Odoorn onderdeel uit van de PGE. De wijkgemeente Grote Kerk Emmen-Odoorn bestaat uit een sectie Emmen en een sectie Odoorn. 

Voor specifieke informatie van de verschillende wijken verwijzen wij u graag naar de hierboven genoemde wijken. 

Bij het opstellen van onze plaatselijke regeling is zoveel mogelijk uitgegaan van de vrijheid van de verschillende wijkgemeenten. De leus: apart wat kan, samen wat moet. Apart, dat heeft te maken met die zaken welke binnen een wijk prima geregeld kunnen worden. Dat gaat dan bijvoorbeeld over de regeling en invulling van de kerkdiensten, het aanstellen van ambtsdragers als ouderlingen, diakenen, kerkrentmeesters; de vergaderingen van de kerkenraad, het opstellen van eigen beleid, en dergelijke. Samen, dat betreft het in stand houden van de kerkgebouwen, het werven en beheren van de benodigde financiën, het bepalen van het aantal predikantsplaatsen, kortom, allerlei wat boven de aparte wijken uitstijgt. Voor die centrale functie is volgende organisatie in het leven geroepen:
 
De Algemene Kerkenraad (AK):
Dit is het hoogste orgaan binnen onze PGE. Er zijn in totaal zestien leden, tien daarvan zijn afgevaardigd door de vijf wijkgemeenten. Natuurlijk is er een dagelijks bestuur: daarin zitten uiteraard de voorzitter en de scriba, een predikant en een vertegenwoordiger vanuit zowel de diaconie en als vanuit de kerkrentmeesters. Voor het goed kunnen uitvoeren van deze taken wordt de AK bijgestaan door een tweetal deskundige colleges, welke hieronder worden genoemd.
 
Het College van Diakenen (CVD):
Dit college telt acht leden; ook hierin zijn de vijf wijkgemeenten met elk een lid vertegenwoordigd en verder bestaat het  college uit een voorzitter, secretaris en een penningmeester. De voorzitter van dit college is ook lid van de Algemene Kerkenraad. Tot de taken behoren onder andere het in overleg met en in verantwoording aan de Algemene Kerkenraad scheppen en onderhouden van materiële en financiële voorwaarden voor de door de gemeente te verrichten diaconale dienst. Dat heeft dan onder meer te maken met zorgen voor opstelling en uitvoering van een beleidsplan, de diaconale begroting, e.d. Populair gezegd: zij zorgen ervoor dat de diaconale taak van de kerk op goede wijze wordt uitgevoerd.
 
Het College van Kerkrentmeesters (CVK):
Ook dit college telt eveneens acht leden; Alle vijf de wijkgemeentes zijn hierin vertegenwoordigd met 1 lid en daarnaast bestaat het college uit een voorzitter, een  secretaris en een penningmeester. En net als bij de diakenen is de voorzitter van dit college lid van de Algemene Kerkenraad. Tot de taken behoren onder andere het in overleg met en in verantwoording aan de Algemene Kerkenraad scheppen en onderhouden van materiële en financiële voorwaarden voor het leven en werken van de gemeente. Dat heeft dan onder meer te maken met zorgen voor opstelling en uitvoering van een beleidsplan, zorgen voor de binnenkomende en uitgaande gelden, het beheren van de kerkgebouwen, enzovoort.